Để hệ thống có thể vận hành tốt nhất, nhà cung cấp đưa ra các hướng dẫn bảo trì, bảo dưỡng cơ bản để chủ đầu tư có thể tự thực hiện. Dưới đây là hướng dẫn bảo trì, bảo dưỡng một số các thiết bị cơ bản của hệ thống quan trắc khí thải tự động, liên tục.